Sebagai entitas bisnis dari PT Pelabuhan Indonesia (Persero) atau Pelindo, maka saham PT Pelindo Jasa maritim dimiliki oleh Pelindo sebesar 99,9% sebagai representasi dari induk usaha dan PT Integrasi Logistik Cipta Solusi sebesar 0,1%. Kuasa pemegang saham melalui Rapat Umum Pemegang Saham (RUPS) memiliki kewenangan dalam menentukan dan menunjuk Dewan Komisaris dan Direksi, menyetujui perubahan Anggaran Dasar, menyetujui laporan tahunan dan menetapkan bentuk dan jumlah remunerasi anggota Dewan Komisaris dan Direksi serta mengambil keputusan terkait tindakan korporasi atau keputusan strategis lainnya yang diajukan Direksi.