Merger Pelindo secara resmi terlaksana pada tanggal 1 Oktober 2021 dengan ditandatanganinya Akta Penggabungan empat Badan Usaha Milik Negara (BUMN) Layanan Jasa Pelabuhan, yaitu PT Pelabuhan Indonesia I (Persero), PT Pelabuhan Indonesia III (Persero), dan PT Pelabuhan Indonesia IV (Persero), melebur ke dalam PT Pelabuhan Indonesia II (Persero) yang menjadi surviving entity.
Presiden Joko Widodo menandatangani Peraturan Pemerintah Nomor 101 Tahun 2021 Tentang Penggabungan PT Pelindo I, III, dan IV (Persero) ke dalam PT Pelabuhan Indonesia II (Persero). Penandatanganan Akta Penggabungan dilakukan secara hybrid pada waktu itu oleh Direktur Utama Pelindo I Prasetyo, Direktur Utama Pelindo II Arif Suhartono, Direktur Utama Pelindo III Boy Robyanto, dan Direktur Pelindo IV Prasetyadi disaksikan oleh Wakil Menteri II BUMN Kartika Wirjoatmodjo.
Momen penting dan bersejarah bagi pengelolaan BUMN kepelabuhanan ini menandai langkah penting dalam rangka peningkatan value creation bagi BUMN Pelabuhan. Inisiatif ini memiliki tujuan untuk meningkatkan efektivitas dan efisiensi kepelabuhanan nasional sehingga diharapkan memberikan manfaat besar bagi perekonomian dan sosial tanah air. Penggabungan ini juga menyatukan sumber daya keuangan, peningkatan leverage, dan memperkuat permodalan Pelindo sebagai satu entitas perusahaan.
Selanjutnya PT Pelabuhan Indonesia (Persero) sebagai induk membentuk 4 (empat) subholding yaitu PT Pelindo Multi Terminal, PT Pelindo Solusi Logistik, PT Pelindo Terminal Petikemas dan PT Pelindo Jasa Maritim yang juga ditetapkan pada tanggal 1 Oktober 2021. Dengan kordinasi dan kendali strategis yang lebih terfokus, SPJM dapat menjalankan operasional bisnis sebagai bagian dari entitas bisnis Pelindo dengan lebih terfokus, terkoordinasi, terstandar dan efisien sehingga akan memberi keuntungan bagi masyarakat khususnya pengguna jasa.